IIS'te projenizi host ettiğiniz Application Pool'un versiyonu sitenizle aynı değil. Sitenizi 3.5 bileşenlerine göre geliştirmişsiniz. IIS üzerinde site 4.0 üzerinde host edilmiş olabilir. 4.0'a ait machine.config'te bu tanımlama zaten mevcut olduğu için duplicate hatası veriyor.
Web.config dosyasında kırmızı satırı silip deneyebilir misiniz.
Ahmet Kaymaz
http://www.ahmetkaymaz.com
C# VB.NET ASP.NET kitabı